La structure organisationnelle de l'Association des médecins rhumatologues du Québec comporte cinq instances, chacune composée d’un ou plusieurs comités qui sont chargés de remplir la mission de l'AMRQ.
La mise en œuvre des décisions se fait au siège social de l'AMRQ, situé au Complexe Desjardins de Montréal.
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